Colecția Manuscrise cuprinde cursuri ale unor profesori și elevi la școli militare românești sau străine,  jurnale,  ordine de zi și rapoarte din timpul celor două conflagrații mondiale, memorii de activitate ale unor ofițeri, discursuri rostite de personalități ale vremii cu diverse ocazii. Colecția a fost constituită odată cu înființarea muzeului și s-a îmbogățit în cei peste 90 de ani din donațiile unor personalități precum: regina Maria, mareșalul Alexandru Averescu, Andrei Potocki, Radu R. Rosetti.